In Bayern bieten noch zahlreiche Städte und Landkreise keine Biotonne an, sondern setzen hinsichtlich der Bioabfallsammlung weiterhin auf Bringsysteme an Containerstandorten oder auf Wertstoffhöfen. Dies gilt unter anderem für die Kreise Altötting und Amberg-Sulzbach, die Stadt und den Landkreis Coburg, die Kreise Kaufbeuren und Kronach sowie für die Stadt Landshut. Hinzu kommen die Kreise Lichtenfels und Mühldorf a. Inn, die Stadt und der Kreis Regensburg, die Stadt Rosenheim, den Kreis Schwandorf und die Stadt Schweinfurt. Das geht aus einer Antwort des bayerischen Umweltministeriums auf eine Anfrage der SPD im bayerischen Landtag hervor.
Laut Abfallbilanz 2024 waren 80 Prozent der Einwohner in Bayern in den Städten und Landkreisen an die Biotonne angeschlossen. Eine Rechtsgrundlage zur verpflichtenden Einrichtung eines Holsystems in Form einer Biotonne besteht laut Landesumweltministerium derzeit nicht und müsste auf Bundesebene eingeführt werden. Allerdings bewerbe das Landesumweltministerium regelmäßig die „Aktion Biotonne“ bei den zuständigen Körperschaften. Darüber hinaus biete die Staatsregierung mit dem Abfallratgeber Bayern eine umfassende Informationsplattform, mit der unter anderem auch über die Getrenntsammlung von Bioabfällen informiert werde.
